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ください [kudasai] and お願いします [onegaishimasu] both means "please."

ください [kudasai] comes after a noun or the -て form of a verb.

• りんごをください [ringo o kudasai] Please give me an apple.
• りんごを買ってください [ringo o katte kudasai] Please buy me an apple.

お願いします [onegaishimasu] comes after a noun. It cannot follow the -て form of a verb.

• りんごをお願いします [ringo o onegaishimasu] Please give me an apple (more humble).

お会計お願いします [o kaikei onegaishimasu]
I'm ready to pay.

• お会計 [o kaikei] means "checkout"
• お願いします [onegaishimasu] means "Please."

かしこまりました [kashikomarimashita] Certainly.

• A: お会計お願いします [o kaikei onegaishimasu]
  I'm ready to pay.
• B: かしこまりました
  Certainly.